计算中心是为高能所大科学工程提供计算服务和网络支撑的部门。负责建设、运行和维护大规模的高性能科学计算和网络环境，是国际高能物理网格计算平台的中国区域中心。同时开展高性能计算、海量存储、网格计算与云计算、志愿计算、高速网络、网络安全等高能物理相关的计算技术研究，是目前中国队伍最为齐全、技术力量最为雄厚的高能物理计算中心。除了提供高性能计算服务之外，计算中心还负责高能所的科研信息化建设，为科研管理等提供信息化系统和服务支撑。

　　高能所计算中心为我国互联网发展做出了重大贡献。1986年8月，通过北京710所和奥地利广播电台建成了与欧洲核子研究中心（CERN）之间的我国第一条国际计算机通讯线路，并从高能所向CERN 发出了中国第一封电子邮件。1988年8月，通过卫星数据通讯线路建立高能所到CERN的X.25连接，高能所的VAX785计算机成为中国第一台连入国际互联网的计算机。1993年3月2日，高能所租用的国际卫星信道建立的64Kbps 专线正式开通，成为我国连入国际互联网的第一根专线。