高能所设有7个研究单位：实验物理研究中心、粒子天体物理研究中心、理论物理室、计算中心、加速器技术研究中心、多学科研究中心、研发中心。 

　　截至2008年底，高能所有职工1047人，其中科技人员 738人，包括中国科学院院士8人、中国工程院院士2人、正高级专业技术人员119人、副高级专业技术人员212人，中国科学院“ 百人计划”入选者27人，国家杰出青年科学基金获得者14人，973首席7人。

　　高能所是国内首批具有博士、硕士授予及建立博士后流动站的单位之一。有理论物理、粒子物理与原子核物理、凝聚态物理、光学、生物无机化学5个理学博士点；核技术及应用、计算机应用技术2个工学博士点；无机化学理学硕士点；有物理学、核科学与技术2个博士后流动站。在读博士生 228人、硕士生166人，在站博士后 45 人。