高能所坚持面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康，取得多项重大研究成果，创造了诸多个第一，且获得国家科技奖二等奖以上奖项26项，谢家麟院士获得国家最高科学技术奖。这些成果在国内外产生了重大影响，为推动科技进步、满足国家战略需求做出了重要贡献。
国家科技奖二等奖以上奖项
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奖项类别 |
奖励项目 |
年度 |
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国家科技进步特等奖 |
北京正负电子对撞机和北京谱仪 |
1990 |
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绕月探测工程（参加单位） |
2009 |
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国家自然科学一等奖 |
反西格玛负超子的发现 |
1982 |
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大亚湾反应堆中微子实验发现的中微子振荡新模式 |
2016 |
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国家科技进步一等奖 |
北京35MeV质子直线加速器 |
1991 |
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上海光源国家重大科学工程 |
2013 |
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北京正负电子对撞机重大改造工程 |
2016 |
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国家自然科学二等奖 |
层子模型 |
1982 |
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北京谱仪τ轻子质量的精确测量 |
1995 |
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ψ（2S）衰变及此生粲夸克偶数物理的实验研究 |
2001 |
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2-5GeV能区正负电子湮灭产生强子反应截面（R值）的精确测量 |
2004 |
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BESⅡDD-bar阈上粒子ψ(3770）费DD-bar衰变的发现和D物理研究 |
2010 |
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纳米材料的安全研究 |
2012 |
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北京谱仪Ⅱ发现新粒子 |
2013 |
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纳米材料蛋白冠的化学生物学特性及其机制 |
2018 |
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“‘四夸克物质’Zc（3900）的发现” |
2023 |
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国家科技进步二等奖 |
中国科学院万立方米级高空科学气球技术系统 |
1985 |
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北京自由电子激光装置 |
1995 |
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阿尔法磁谱仪(AMS)永磁体系统 |
2000 |
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计算机网络安全关键技术研究与产品开发 |
2000 |
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宽波段空间伽玛射线暴观测研究及仪器研制 |
2004 |
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加速器驱动洁净核能系统（ADS）的物理及技术基础研究 |
2008 |
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锌电解典型重金属污染物源头削减关键共性技术与大型成套装备 |
2020 |
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慧眼空间天文卫星宽能段X射线探测技术及应用 |
2023 |
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国家技术发明二等奖 |
同步辐射软X射线多层膜反射率计装置及其应用 |
2000 |